Zespół stworzył oprogramowanie do identyfikacji i porównywania sekwencji genomów zwierząt. Dzięki temu opracowaniu będzie można śledzić bliskość jednych gatunków zwierząt względem innych w ogólnej hierarchii, a także analizować zmiany, jakie zaszły u przedstawicieli różnych gatunków w trakcie ewolucji.
Miliony różnych gatunków zamieszkują planetę Ziemię. Kluczowe czynniki takie jak wygląd, styl życia i nawyki żywieniowe są w dużej mierze zdeterminowane przez pulę genów. A zmienność tych zestawów różni się znacznie w zależności od liczby gatunków; w sumie eksperci liczą około 20 000 kombinacji różnych genów. Okazuje się więc, że gatunki różnią się nie tylko i nie tyle samymi genami, co parametrami ich położenia względem siebie. W nauce istnieje specjalny termin „syntyntyka”, który odnosi się do specyficznej sekwencji lokalizacji poszczególnych elementów genomu.
Inżynier Ksenia Krasheninnikova, jeden z twórców projektu, przytacza przykład goryli i szympansów, które mają identyczny zestaw genów, ale różnią się od siebie właśnie z powodu odmiennej sekwencji.
Aby znaleźć dokładnie to, co różni struktury genomu, eksperci muszą najpierw znaleźć te niepodobieństwa. Nie da się tego zrobić ręcznie, bo to za dużo danych. Dlatego też naukowcy starają się stworzyć specjalne programy, które ułatwiają i optymalizują proces selekcji.
Nowy wynalazek, nazwany halSynteny, ma być szybszy od poprzednich systemów. Dodatkowo program może pracować w dwóch formatach jednocześnie.
Zasadniczo inne podejście do wyszukiwania sekwencji syntenicznych przyczynia się do szybkości. Zazwyczaj techniki te wykorzystują wstępną anotację, w przypadku halSynteny obejmują wyrównanie technologiczne, w którym różne fragmenty jednego zestawu genów są porównywane z innymi. W efekcie identyfikowane są sekwencje podobne, a na ich podstawie wyciągane są wnioski o różnicach.
Dzięki językowi programowania C++ oprogramowanie ma większą wydajność, więc wszystkie obliczenia są kilkakrotnie szybsze niż w przypadku innych metod.
Czy nowy system naprawdę ułatwi pracę inżynierów genetycznych? Czy może istnieją jakieś potencjalne problemy lub wyzwania, z którymi będą musieli się zmierzyć? Czy istnieją jakieś ograniczenia lub regulacje dotyczące tego systemu? Chciałbym dowiedzieć się więcej o tym, jak nowa technologia wpływa na praktykę inżynierii genetycznej.
Nowy system może rzeczywiście ułatwić pracę inżynierów genetycznych, ponieważ zapewnia nowe narzędzia i technologie, które mogą przyspieszyć proces manipulacji genetycznej oraz poprawić precyzję i skuteczność eksperymentów. Jednakże istnieją również potencjalne problemy, takie jak etyczne kwestie związane z manipulacją genetyczną, ryzyko nieszczelności genetycznej oraz obawy dotyczące wykorzystania technologii w nieetyczny sposób.
Ograniczenia i regulacje dotyczące nowego systemu mogą być wprowadzone w celu zapewnienia bezpieczeństwa i zapobieżenia potencjalnym zagrożeniom dla zdrowia publicznego i środowiska. Konieczne może być również spełnienie określonych standardów i procedur w celu zatwierdzenia używanych technologii oraz monitorowania działań inżynierów genetycznych.
Wprowadzenie nowych technologii może zrewolucjonizować praktykę inżynierii genetycznej, ale jednocześnie wymaga ostrożności i odpowiedniego nadzoru, aby uniknąć negatywnych konsekwencji. Dlatego ważne jest, aby inżynierowie genetyczni byli świadomi zarówno korzyści, jak i potencjalnych ryzyk związanych z nowym systemem i stosowali go w sposób odpowiedzialny.